נולד למשפחה יהודית בפריז באווירה שלאחר שנת 68. למד וחקר במגוון מוסדות אקדמיים במספר מדינות, בהן צרפת, גרמניה, ישראל, ספרד, פורטוגל, איטליה וארה"ב. בראשית התמחה בתולדות הפילוסופיה הגרמנית המודרנית (מקאנט ועד היידגר), ובייחוד בפרשנות שהעניקו להם פילוסופים צרפתים כלווינס ודרידה (האחרון היה מורו הנערץ). התמחות ראשונית זו מהווה הרקע להתפתחות האינטלקטואלית שלו כחוקר בתחום של היסטוריה אינטלקטואלית. עודנו פעיל בחקר ובתרגום טקסטים מן ההגות הגרמנית. מוקד המשיכה העיקרי עבורו מצוי בהגות הגרמנית-יהודית ובמשמעויותיה הפוליטיות והתיאולוגיות הנרחבות, כמו גם בהיסטוריה ובפילוסופיה של מלאכת התרגום. לאחרונה התמנה למנהל מכון בוצריוס לחקר ההיסטוריה והחברה הגרמנית העכשווית באוניברסיטת חיפה.

במהלך לימודי הדוקטורט שלו (1998-2004) חקר את הקשר שבין הוגים יהודים להומניזם של הרנסאנס, ובפרט בהגותו של דון יצחק אברבאנל (1437-1508). עם השלמת הדיסרטציה שלו, חיבר שלושה ספרים וכתב מאמרים רבים הנוגעים להיבטים מגוונים במחשבה ובספרות היהודית בתקופת הרנסאנס. הביוגרפיה האינטלקטואלית שלו אודות דון יצחק אברבאנל ראתה אור בסדרה היוקרתית של מרכז זלמן שזר, "גדולי הרוח והיצירה בעם היהודי". לאחרונה זו תורגמה והורחבה, והתפרסמה בסדרה היוקרתית של מכון טאובר לחקר יהדות אירופה, בהוצאת אוניברסיטת ברנדייס. מאז שנת 2010 ד"ר כהן סקלי מרצה על תולדות הפילוסופיה יהודית בימי הביניים ובעת החדשה באוניברסיטת חיפה.